《R的极客理想—工具篇》—— 1.5 多人在线协作R开发RStudio Server

    xiaoxiao2023-08-11  156

    本节书摘来自华章出版社《R的极客理想—工具篇》一 书中的第1章,第1.5节,作者:张丹,更多章节内容可以访问云栖社区“华章计算机”公众号查看。

    1.5 多人在线协作R开发RStudio Server

    问题R语言开发,哪个工具最好用?

    引言RStudio是R语言开发中的利器,是最好用的R语言IDE集成环境。RStudio Server更是利器中的神器。不仅提供了Web的功能,可以安装到远程服务器上,通过Web进行访问,还支持多用户的协作开发。如此神器,快来动手试一下吧。

    1.5.1 RStudio和RStudio Server

    RStudio 是一个强大的、免费的、开源的R语言集成开发环境的应用软件,可以安装在Windows、Linux和Mac 不同操作系统上。RStudio Server 是一个基于Web访问的RStudio云端开发环境,需要安装在Linux服务器上面,支持多用户远程访问使用。

    1.5.2 RStudio Server安装

    本文使用的系统环境是:

    Linux: Ubuntu Server 12.04.2 LTS 64bit R: 3.0.1 x86_64-pc-linux-gnu IP: 192.168.1.13

    注 RStudio Server只支持Linux系统环境。在Linux Ubuntu环境中,下载并安装64位的Rstudio Server:

    ~ sudo apt-get install gdebi-core ~ sudo apt-get install libapparmor1 # Required only for Ubuntu, not Debian ~ wget http://download2.rstudio.org/rstudio-server-0.97.551-amd64.deb ~ sudo gdebi rstudio-server-0.97.551-amd64.deb

    安装后,RStudio Server会自动启动运行。

    ~ ps -aux|grep rstudio-server # 查看RStudio Server运行进程 998 2914 0.0 0.1 192884 2568 ? Ssl 10:40 0:00 /usr/lib/ rstudio-server/bin/rserver

    可以看到,RStudio Server的服务已启动,8787端口被打开。

    1.5.3 RStudio Server使用

    通过浏览器,我们访问RStudio Server: 192.168.1.13:8787,IP地址为RStudio Server服务器的地址,如图1-6所示。

    RStudio Server 登录需要用Linux 系统的用户账号。如果想增加或减少用户,直接对Linux系统用户进行操作就可以了。我的环境中用户登录,用户名是conan,密码是conan111。登录之后看到的界面如图1-7所示。

    RStudio Server 的系统配置RStudio Server主要有两个配置文件,默认文件不存在。 /etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf

    设置端口和ip控制:

    ~ vi /etc/rstudio/rserver.conf www-port=8080 # 监听端口 www-address=127.0.0.1 # 允许访问的IP地址,默认为0.0.0.0

    重启Rstudio Server服务器,配置生效:

    ~ sudo rstudio-server restart

    会话配置管理:

    ~ vi /etc/rstudio/rsession.conf session-timeout-minutes=30 # 会话超时时间 r-cran-repos=http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/ # 设置CRAN资源库 RStudio Server 的系统管理启动、停止、重启 RStudio Server服务器的命令如下: ~ sudo rstudio-server start # 启动 ~ sudo rstudio-server stop # 停止 ~ sudo rstudio-server restart # 重启

    查看运行中的R进程:

    ~ sudo rstudio-server active-sessions PID TIME COMMAND 6817 00:00:03 /usr/lib/rstudio-server/bin/rsession -u zd

    指定PID, 停止运行中的R进程:

    ~ sudo rstudio-server suspend-session 6817 ~ sudo rstudio-server active-sessions # 再次查看进程 PID TIME COMMAND

    停止所有运行中的R进程:

    ~ sudo rstudio-server suspend-all

    强制停止运行中的R进程,此操作优先级最高,立刻执行。

    ~ sudo rstudio-server force-suspend-session <pid> ~ sudo rstudio-server force-suspend-all

    RStudio Server临时下线,不允许Web访问,并给用户友好的错误提示:

    ~ sudo rstudio-server offline rstudio-server start/running, process 6880 RStudio Server上线: ~ sudo rstudio-server online rstudio-server start/running, process 6908 RStudio Server的其他操作和单机版的RStudio一样。

    1.5.4 RStudio Server多人协作

    增加新用户和新用户组 ~ sudo groupadd hadoop # 创建Hadoop用户组 ~ sudo useradd hadoop -g hadoop # 创建Hadoop用户并加入到Hadoop用户组 ~ sudo passwd hadoop # 设置Hadoop用户的密码 ~ sudo adduser hadoop sudo # 增加Hadoop用户到sudo组 ~ sudo mkdir /home/hadoop # 创建Hadoop用户的home目录 ~ sudo chown -R hadoop:hadoop /home/hadoop # 给/home/hadoop目录及子目录,设置用户权限 以Hadoop用户登录,检查用户是否设置成功 ~ ssh hadoop@localhost # 通过 ssh 远程登录 ~ bash ~ pwd # 查看登录后的访问目录 /home/hadoop

    新打开浏览器窗口通过Hadoop账号登录 ,如图1-8所示。

    Git代码共享首先安装Git: ~ sudo apt-get install git ~ ssh-keygen -t rsa #生成rsa密钥对 ~ cat /home/conan/.ssh/id_rsa.pub #查看公钥 ssh-rsa AAAAB3NzaC1yc2EAAAADAQABAAABAQDMmnFyZe2RHpXaGmENdH9kSyDyVzRas4GtRwMNx+qQ 4QsB8xVTrIbFayG2ilt+P8UUkVYO0qtUJIaLRjGy/SvQzzL7JKX12+VyYoKTfKvZZnANJ414d6oZpbDw sC0Z7JARcWsFyTW1KxOMyesmzNNdB+F3bYN9sYNiTkOeVNVYmEQ8aXywn4kcljBhVpT8PbuHl5eadSLt 5zpN6bcX7tlquuTlRpLi1e4K+8jQo67H54FuDyrPLUYtVaiTNT/xWN6IU+DQ9CbfykJ0hrfDU1d1LiLQ 4K2Fdg+vcKtB7Wxez2wKjsxb4Cb8TLSbXdIKEwSOFooINw25g/Aamv/nVvW1 conan@conan-deskop

    接下来,我们需要把本地项目上传到Github。首先在Github上创建一个新的项目rstudio-demo,地址为github.com/bsspirit/rstudio-demo,通过下面的操作上传本地目录到rstudio-demo项目。

    ~ mkdir /home/conan/R/github # 创建rstudio-demo项目目录 ~ cd /home/conan/R/github ~ git init # 初始化Git ~ git add # 增加当前目录及子目录到本地Git库 ~ git commit -m 'first comment' # 在本地Git库提交 ~ git remote add origin git@github.com:bsspirit/rstudio-demo.git # 绑定当前目录和github的项目 ~ git push -u origin master # 上传本地Git库中的代码到Github

    打开RStudio设置到/home/conan/R/github目录,tools–>version control –> project setup,如图1-9所示。

    在RStudio中修改sayHello.r的代码:

    sayHello<-function(name){ print(paste("hello",name)) } sayHello("Conan") sayHello("World")

    点击tools–>version control–> commit提交,如图1-10所示。

    上传到Github,只需要点击tools–>version control–> push,如图1-11所示。

    RStudio有如此强大的功能,极大地降低了编程的门槛。还没有用过的同学,赶紧去体验一把极客的感觉吧!

    相关资源:敏捷开发V1.0.pptx
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