与很多成熟完善的应用软件类似，用户可以在启动文件中自定义R的行为。另外，R可以保存全部或者部分会话，比如记录你用R做过什么，并输出到文件里。如果希望每次开始R会话的时候执行一些R命令，那么你可以把这些命令保存到.Rprofile文件中，并把该文件放置于你个人的主目录或者当前运行R的目录下。当然R搜索.Rprofile文件时会最先搜索后一个目录，这样就可以针对特定的项目进行自定义配置。例如，要设置调用edit()时R启动的文本编辑器，你可以在.Rprofile文件中加入下面的这一行（如果你使用的是Linux系统）：
options()函数用来配置R，也就是调整各种设置。可以使用与你的操作系统相对应的符号（斜杠或反斜杠）来设定编辑器的完整路径。另一个例子，在我家Linux电脑里的.Rprofile文件中，有这么一行：
这条命令会在R的搜索路径中自动添加一个包含我的全部辅助包的目录。与大多数程序一样，R也有当前工作目录（current working directory）的说法。如果你使用的是Linux或者Mac系统，当前工作目录就是你启动R时的目录。在Windows中，当前工作目录很可能是“我的文档”目录。如果此时在R会话中引用文件，则会认为文件在那个目录下。可以键入下面的命令查看当前工作目录：
这条命令会把工作目录设置为q。和在进行交互式R会话时一样，R会把你提交的命令记录下来。当退出R时，R会询问你“是否保存工作空间映像？”，如果你回答“是”，则R会保存你在本次会话中所创建的所有对象，并在下次会话中恢复。这意味着下次你可以从上次停止的地方继续，而不必从头开始。工作空间保存于名为.Rdata的文件中，该文件位于启动R会话的位置（Linux下）或者R的安装目录下（Windows下）。.Rhistory文件用来记录你之前用过的命令，查看该文件可以帮助你回忆工作空间是如何创建的。如果想更快地启动或关闭R，那么在启动R时使用vanilla选项可以跳过加载上面那些文件以及结束时保存会话的过程。
其他选项介于vanilla和“加载所有文件”之间。要查找更多关于启动文件的信息，可查询R的在线帮助，如下：
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