R可以在两种模式下运行：交互模式和批处理模式。常用的是交互模式。在这种模式下，你键入命令，R将显示结果，然后你再键入新的命令，如此反复进行操作。而批处理模式不需要与用户进行互动。这对于生产工作是非常有帮助的，比如一个程序必须定期重复运行，如每天运行一次，用批处理模式则可以让处理过程自动运行。1.1.1 交互模式在Linux或Mac的系统中，只需在终端窗口的命令行中键入R，就可以开始一个R会话。在Windows系统下，点击R图标来启动R。启动后显示的是欢迎语，以及R提示符，也就是>符号。屏幕的显示内容如下：
现在就可以开始执行R命令了。这时候显示的窗口叫做R控制台。举个简单例子，考虑一个标准正态分布，其均值为0且方差为1。如果随机变量X服从这个标准正态分布，那么它的取值将以0为中心，或正或负，平均值为0。现在要生成一个新的随机变量Y=|X|。因为我们已经取了绝对值，Y的值将不会以0为中心，并且Y的均值也将是正值。下面来计算Y的均值。我们的方法基于模拟N(0,1)分布随机变量的取值：
这行代码将会生成100个随机变量，计算它们的绝对值，然后计算它们绝对值的均值。标签[1]表示这行的第一项是输出结果的第一项。在这个例子中，输出结果只有一行（且只有一项），所以标签[1]显得有点多余。但是当输出结果有很多项会占据很多行时，这种标签会很有帮助。例如，输出结果有两行，且每行最多有6项，则第二行将会以标签[7]开头。
在这里，输出结果有10个数值，举例来说，第二行的标签[7]可以让你快速判断出0.687701是输出结果的第8项。也可以把R的命令保存在文件里。通常，R代码文件都会有后缀.R或者.r。如果你创建一个名为z.R的文档，可以键入下面的命令来执行该文件中的代码：
1.1.2 批处理模式有时候自动处理R会话能带来便利。例如，你可能希望运行一个用来绘图的R脚本，而不需要你亲自启动R来执行脚本，这时就要用批处理模式运行R。举个例子，文件z.R中是绘图的代码，内容如下：
以#标记的部分是注释，它们会被R解释器忽略掉。注释的作用是以更易读的形式来提示代码的用途。下面一步步讲解前面代码的作用：调用pdf()函数告诉R我们想把创建的图形保存在PDF文件xh.pdf中。调用rnorm()函数（rnorm代表random normal）生成100个服从N(0,1)分布的随机变量。对这些随机变量调用hist()函数生成直方图。调用dev.off()函数关闭正在使用的图形“设备”，也就是本例中的xh.pdf文件。这就是实际上把文件写入磁盘的机制。我们可以自动运行上面的代码，而不用进入R的交互模式，只需要调用一条操作系统shell命令（例如通常在Linux系统中使用的$命令提示符）来调用R：
用PDF阅读器打开保存的文件，可看到直方图（这里展示的只是简单的不加修饰的直方图，R可以生成更加复杂的图形），这表明上面的代码已执行。
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